Allt til ársins 1955 var farskóli í Mosvallahreppi þótt krafa um heimavistarskóla innan sveitarinnar kæmi snemma fram en ágreiningur var um staðsetningu. Í fyrstu voru uppi hugmyndir um Innri-Veðrará eða Hól þar sem skilyrði virtust til vatnsvirkjunar til raforkuframleiðslu. Menn gerðu sér þó ljóst að skólinn yrði jafnframt samkomustaður sveitarinnar og færi því best í miðri sveit. Fór svo að Holt varð fyrir valinu þó að sumir vildu byggja á Mosvallaskeiði.
Guðmundur Ingi Kristjánsson frá Kirkjubóli í Bjarnardal (1907-2002) var skólastjóri barnaskólans í Holti 1955-1974. Hann tók saman sögu skólans og segir svo frá upphafi skólahalds í Holti:
„Árið 1946 hófst bygging heimavistarskólans, en um það leyti var verið að leggja veginn yfir Holtsengin og út í Hjarðardal. Sú stefna var tekin að fara sér hægt við smíði skólans og miðað við að heimamenn gætu notið vinnu þar eftir því sem unnt væri og tekin yrðu sem minnst lán til að greiða kostnaðarhluta sveitarsjóðsins. Trésmíðaverkstæðið Hefill á Flateyri tók verkið að sér.
Vegna þessa vinnulags gekk verkið seint. Það var ekki fyrr en haustið 1952 að kennsla hófst í nýja skólanum. Þá var þó ekki komin miðstöð í húsið, en kolaofni var komið fyrir í einni stofu og þar fór kennslan fram. 6 börnum var þá kennt þar en 10-12 í Fjarðarskóla. Næsta haust, 1953, var aðalhæð skólahússins tilbúin. Fór þá kennslan fram í fyrirhugaðri skólastofu og kennarinn, Gunnlaugur Sveinsson, bjó með fjölskyldu sinni í skólastjóraíbúðinni. Farskólafyrirkomulagið hélst þó enn og var kennt í 12 vikur í Fjarðarskóla. Þá voru 10 börn í Holtsskóla en 13 í Firðinum.
Veturinn 1954-1955 var sama fyrirkomulag. Gunnlaugur var þá fluttur til Flateyrar og íbúðin í skólanum var ekki notuð.
Haustið 1955 tók heimavistarskólinn til starfa. Kennari var þá Guðmundur Ingi Kristjánsson og ráðskona var Þuríður Gísladóttir frá Mýrum í Dýrafirði. Gegndi hún því starfi samfleytt í 19 vetur. Fyrirhuguð nemendaherbergi voru þó ekki tilbúin þegar heimavistin hófst en allt skólafólkið bjó í íbúðinni, ráðskonan og námsmeyjarnar í einni stofu en kennari og skólasveinar í annarri. Nemendum var skipt eftir aldri og var hver hópur 12 vikur í skólanum, hálfan mánuð í senn. Í eldri deild voru 7 börn 12 og 13 ára en í yngri deild 9-10 börn, 10 og 11 ára. [...] Árið 1958 voru heimavistarherbergin loksins tilbúin og fluttu nemendur í þau. Var oftast búið í 4 herbergjum en stundum 5, eftir fjölda nemenda og kynjaskiptingu.
Frétt úr Tímanum frá 30. maí 1956.